Esquipulas inició sus operaciones a fines de 1996, en la ciudad de Monterrey, N.L., teniendo como único objetivo el apoyo a las comunidades indígenas del estado de Chiapas. Se fundó en la ciudad de Monterrey, N.L., y tiene su sede en San Cristóbal de las Casas, Chiapas. 

Esquipulas es una fundación que no tiene afiliaciones políticas o religiosas. Esquipulas vive, gracias a un grupo de familias, empresas, instituciones, médicos y personas que tienen el deseo de apoyar al indígena de Chiapas, orgullo de todos los mexicanos por su transcendencia histórica en el pasado, presente y futuro de este país.

Hemos encontrado que las tradiciones, costumbres y filosofía de la vida de las comunidades indígenas de Chiapas, son muy superiores en su nivel espiritual, a nuestros estándares en la ciudad. Desgraciadamente, nuestro conocimiento de su realidad es muy pobre y deficiente, por desconocer y no manejar correctamente sus dialectos.

Sus necesidades nunca han sido comprendidas ni cubiertas con lo que hemos estado ofreciendo en el pasado y aún hoy en día. Nunca ha habido una continuidad en los distintos apoyos oficiales o privados. Estos factores y la deficiente comunicación, ha provocado la desconfianza de las comunidades hacía toda ayuda externa.